رئیس دانشگاه آزاد از ابتدای آغاز ریاستش بر این دانشگاه تاکنون در حدود 60 حکم انتصاب را صادر کرده است و اين انتصابات حاکی از آن است که افراد زیادی از بدنه های مختلف کشور وارد پستهای مدیریتی این دانشگاه شدهاند.اما نخستين انتصابات وي بسيار بحثبرانگيز بود كه اولين آنها به برادر ديگر دانشجو مربوط ميشد.وي خسرو دانشجو،را که در آن زمان عضو شورای اسلامیشهر تهران و رئیس واحد تهران غرب دانشگاه آزاد اسلامیبود به عنوان نماینده خود در واحدهای علوم و تحقیقات این دانشگاه منصوب كرد،كه البته اين انتصاب خانوادگي نيز بدون واكنش نماند و انجمنهای اسلامیدانشجویان ۸ دانشگاه کشور طی نامهای خطاب به رئيس دانشگاه آزاد از انتصاب خسرو دانشجو به ریاست واحد علوم و تحقیقات انتقاد کردند.سپس دبیر تشکیلات دفتر تحکیم وحدت از فرهاد دانشجو خواست به افکار عمومیو دانشجویان احترام بگذارد و در اسرع وقت در حکم خسرو دانشجو تجدید نظر کند.اما اين تنها انتصاب جنجالي و بحث برانگيز رئيس جديد دانشگاه آزاد نبود.
چراكه معرفي گزينه جديد رياست واحد تهران مركز اين دانشگاه موجب بهت و حیرت جامعه علمیو آکادمیک کشور شد. فردوس حاجيان به عنوان سرپرست اين واحد دانشگاهي معرفي شد.فردي كه نهتنها «سابقه آکادمیک موثری» نداشت، بلكه تنها بواسطه نوارهای ویدئویی،آموزش کودکان و خردسالان شناخته میشد که آنها مربوط به سالها پیش بود.
روز ۱۲ مرداد، یعنی دقیقا آخرین روز مسئولیت محمود احمدي نژاد گزارشي از فعاليتهاي دانشگاه آزاد منتشر شد ،در اين گزارش به مواردي از قبيل به کارگیری خویشاوندان دانشجو در ستاد مرکزی و سایر واحدهای دانشگاه آزاد، استفاده از دیتاسنتر دانشگاه آزاد برای تبلیغات انتخاباتی خسرو دانشجو، برادر فرهاد دانشجو، رئیس دانشگاه آزاد، بسیج کردن گروهی از پرسنل واحد علوم تحقیقات برای فعالیت در ستاد تبلیغاتی خسرو دانشجو، استفاده از بودجه دانشگاه و پرداختن آن به برخی تشکلها برای هزینه کردن در ستاد یکی از کاندیداهای ریاست جمهوری اشاره شده است.
همچنین در بخش دیگری از این گزارش ۲۴ بندی، به مواردي مانند برگزاری مهمانی خاص در برج میلاد و واحد علوم تحقیقات دانشگاه آزاد از بودجه این دانشگاه که با شهریه دانشجویان تامین میشود، تغییرات مشکوک در حسابهای بانکی دانشگاه، راکد نگه داشتن حساب سپرده های متمرکز و افتتاح حسابی پرگردش در یک شعبه خاص و آوردن وجوه حساب های واحدهای مختلف دانشگاه به یک حساب خاص اشاره شده و بابت آنها توضیح خواسته شده است.
در خصوص حواشي اطراف فرهاد دانشجو، سعدا... نصیری قیداری، سخنگوی سابق کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس، در باره صحبتهاي خود در سال 90 كه مربوط به مشكلات مدارك دانشجو بود به قانون گفت:در آن زمان مداركي را از طريق دانشگاههايي كه در آنجا تحصيل كرده بود جمع آوري كرديم كه تناقضاتي با رزومه فرهاد دانشجو داشت.
اما متاسفانه در همان موقع با وجود اينكه قرار بود حكم انتصاب دانشجو را در تاريخ 9/12 اعلام كنند دو روز زودتر حكم وي صادر شد و عملا ديگر مدارك ما بيتاثير بود.وي در ادامه با اشاره به اينكه نيت از مطرح كردن مدارك سياسي نبود گفت:صرفا گمان ميكردم بهتر باشد ابهامات موجود برطرف بشود كه متاسفانه اين اتفاق رخ نداد.نصيري درباره چگونگي دستيابي به مدارك نيز گفت:اين مدارك بر روي سايت دانشگاههاي محل تحصيل دانشجو پيدا ميشود هرچند بعد از اينكه وي به عنوان رئيس دانشگاه آزاد معرفي شد بخشي از مدارك از روي سايت دانشگاه تربيت مدرس برداشته شد.