در پی درگذشت یار دیرین امام، حضرت آیت الله هاشمی رفسنجانی ، سید محمد خاتمی پیام تسلیتی صادر کرد که متن آن به شرح ذیل است:
بسم الله الرحمن الرحیم
چهره درخشان اسلام و انقلاب و ایران، حضرت آیت الله اکبر هاشمی رفسنجانی رضوان الله علیه به دیدار معبود شتافت تا از لطف عمیم پروردگار پاداش نیکی و پاکی و تلاش ارجمند و کارساز خود را در خدمت به اسلام و ایران و مردم دریافت دارد و گوارا باد بر او رحمت حضرت حق.
آیت الله هاشمی رفسنجانی از معدود انسانهای بزرگی است که چه پیش از انقلاب و چه پس از آن همواره و همه جا نقشی ممتاز و کم نظیر داشته است.
او اندیشمندی اسلامشناس و آزادی خواه و انقلابی و خستگی ناپذیر و مورد اعتماد و عنایت ویژه حضرت امام و گره گشا در تنگناها و بحرانها بود و قهرمانی که جز به اعتلاء انقلاب و ایران و دفع و رفع خطرها از نظام و مردم نیاندیشید و عمل نکرد.
مردم شریف و بزرگوار ایران قدر این فرزند قهرمان خود را میدانستند و بار دیگر از مراسم تشییع پیکر پاک او و مجالس بزرگداشتش جایگاه والای او را پاس خواهند داشت.
این مصیبت بزرگ را به ملت شریف ایران، به رهبر معظم انقلاب و خاندان شریف، به همسر عالیقدر، فرزندان، برادران و به همه بستگان داغدار تسلیت عرض میکنم و ضمن طلب علو درجات برای این فقید سعید از پیشگاه حضرت حق امیدوارم که خداوند منان خسارت سنگین فقدان او را با لطف گسترده و ویژه خود جبران فرماید.
سید محمد خاتمی
۱۹ دی ۱۳۹۵